Anche secondo me non dipende ne' da scarsa ossigenazione dell'acqua, ne' da inquinamenti vari, visto che sia i pesci che i molluschi ne sono molto piu' sensibili, e di conseguenza avresti avuto una moria anche tra pesci e molluschi. Non penso dipenda anche dalla temperatura, visto che molti le tengono in laghetti esterni tutto l'anno anche in zone piu' fredde della tua. Io stesso, che abito in pianura padana, faccio fare il letargo alle mie trachemis in contenitori di plastica, in cui l'acqua non è certo profonda, e che ghiaccia tranquillamente in superficie nelle giornate piu' fredde, ma per questo non ho mai avuto problemi.
Pero' qualcosa di simile è capitato anche a me con una tarta, era una trachemis scripta elegans adulta, regalatami da un signore a fine estate. Mi sembrava in salute, tanto che mangiava regolarmente. Ha trascorso il letargo in compagnia di un'altra tartaruga uguale in una vaschetta, che nel periodo + freddo ho riposto in cantina. Comunque niente sbalzi di temperatura. Sembrava essere andato tutto ok come al solito, ma al risveglio dal letargo, mentre la mia appariva in ottima salute, quella cedutami l'anno prima era moribonda, galleggiava con la bocca semichiusa, e alla fine è morta. Mi aspettavo che nel giro di poco anche l'altra avrebbe avuto gli stessi sintomi (ho pensato subito a qualche infezione), visto che avevano passato molti mesi a strettissimo contatto, invece nulla, tanto che anche quast'anno si è risvegliata dal letargo senza alcuna conseguenza.
I sintomi mi sembrano i medesimi descritti per le tue. Purtroppo pero' non so' dirti a cosa sia dovuto, visto che nel mio caso, l'altra mia tarta non ha avuto conseguenze. Spero davvero che qualcuno sappia darci una risposta.