Se il veterinario l'ha visitata ed ha deciso di curarla a questa maniera sicuramente ha le sue buone ragioni.
Quanto ne devi iniettare di baytril?
Per quanto riguarda le iniezioni è sempre consigliabile alternare il lato dove vengono fatte, un pò come per noi

L'orario migliore devi sceglierlo tu e cioè devi sapere di poter fare l'iniezione sempre più o meno allo stesso orario, se riesci sarebbe l'ideale mantenere l'orario (all'incirca eh) in cui l'ha fatta il veterinario.
Ti ha detto di tenerla al caldo in terrario?